Narodni muzej u Nišu prva je ustanova te vrste osnovana 1. aprila 1933. godine od strane grupa zaljubljenika okupljena oko te godine osnovanog Muzejskog društva, čiji su najistaknutiji članovi bili i njegovi osnivači – Adam Oršić Slavetić, Rudolf Bratanić, Borivoje Gojković, Aleksandar Nenadović i Borivoje Popović.
Kao ustanova kompleksnog tipa, u svojim fondovima muzej danas ima oko 40.000 eksponata iz oblasti istorije i istorije umetnosti, arheologije, etnologije, kulturne istorije i numizmatike i dve spomen zbirke, Stevana Sremca i Branka Miljkovića. U njegovom sastavu su i konzervatorsko-preparatorske radionice, foto laboratorija i biblioteka (sa preko 10.000 knjiga).
Narodni muzej Niš još jednu godinu u nizu obeležava godišnjice svog osnivanja u znaku iščekivanja nove zgrade.
Krajem prošle godine odlučeno je da Grad Niš od države otkupi parcelu sa vojnom zgradom u vrednosti od 89 miliona dinara. Zgrada u ulici Marka Oreškovića će biti srušena i na tom mestu biće izgrađena moderna zgrada za potrebe Narodnog muzeja i Galerije savremene likovne umetnosti.
Nakon postupka restitucije sadašnja zgrada Narodnog muzeja Niša je vraćena prethodnim vlasnicima objekta. Od tada je Grad bio prinuđen da plaća kiriju za korišćenje tog prostora.
Muzej je prvih meseci svog postojanja bio privremeno smešten u zgradi Učiteljskog doma i prvu izložbu postavljenu u ovom prostoru videlo je nekoliko hiljada posetilaca. Pola godine nakon svog osnivanja, 22. oktobra 1933. godine, Muzej se seli u kuću Hristoduluovih, kada je i zvanično otvoren pod imenom Istorijsko-etnografski muzej grada Niša.
Muzej je 1950. godine preseljen u nove prostorije u kojima se nalazi i danas. U zgradu u ulici Stanka Paunovića (danas Generala Milojka Lešjanina) smešteno je istorijsko odeljenje pod nazivom Muzej NOB-a, a u zgradi bivše banke, u ulici Petog kongresa (današnja Nikole Pašića) izložena je stalna arheološka postavka.
Posebnost muzeja ogleda se u činjenici da se u njegovom sastavu nalaze i tri nepokretna kulturna dobra od izuzetnog značaja: arheološko nalazište Medijana, spomenik Ćele kula i Memorijalni kompleks ,,12 februar“.
